基础微生物学是学科基础课。学习该课程是为今后学习植保专业、应用化学专业、园艺专业和生态专业的有关后续课程如普通植物病理学、园艺植物病理学、生物防治、环境微生物与生物农药等课程打基础。通过该课程的学习，学生应掌握与植物病虫害有关的主要微生物类群；微生物的营养；微生物的代谢与生长；微生物的遗传与变异；微生物生态；微生物与植物保护的关系等方面的基础知识。该课程采用理论教学与实验教学相结合的方法进行。